De larges épidémies affectèrent l'Amérique tropicale aux XVII, XVIII et XIXèmes siècles et en firent la "maladie la plus redoutée des Amériques".

Aujourd'hui, la maladie sévit dans les régions intertropicales d'Amérique et d'Afrique. Mystérieusement, elle n'est jamais parvenue en Asie.

Elle avait presque disparu d'Amérique du Sud dans la première moitié de ce siècle, mais un retour en force des moustiques vecteurs fait craindre une résurgence de l'infection.

Quant à l'Afrique, c'est de loin le continent le plus touché, avec 95% des cas recensés dans le monde et, d'après l'O.M.S., 200 000 cas et 30 000 décès par an. Les épidémies et les cas isolés s'y sont régulièrement accrus au cours de ces dernières années. Autrefois limitées à la savane et en bordure de forêt, les épidémies africaines gagnent les cités en expansion qui procurent aux moustiques de nouveaux gîtes (vieux pneus ou bidons pleins d'eau). L' extension planétaire d'une autre arbovirose, la dengue, transmise par le même moustique, fait craindre un débordement similaire de la fièvre jaune. Certains experts pensent même que le réchauffement de la planète pourrait favoriser une migration d'Aedes vers le nord.

Carte des pays à risque de fièvre jaune

On estime que les graves épidémies survenues en Ethiopie en 1960-62 et en Afrique de l'Ouest en 1969-70 ont fait des centaines de milliers de victimes et des milliers de morts. On trouve également cette maladie au Panama et dans le nord de l'Amérique du Sud. Lors des épidémies, le taux de létalité chez l'adulte non vacciné peut dépasser 50%.

Bien que la déclaration des cas de fièvre jaune soit obligatoire pour les états membres de l'OMS, les données statistiques disponibles sous-estiment considérablement l'incidence réelle de la maladie, car seule une petite fraction de cas sont vus en consultation et diagnostiqués. Il y a à cela plusieurs raisons : le fait que des cas surviennent dans des zones éloignées peu équipées en services médicaux, la méconnaissance de la maladie par le personnel médical, une confusion avec d'autres maladies endémiques (hépatite virale ou paludisme, par exemple), ainsi que le manque d'accès à des laboratoires permettant l'analyse d'échantillons. Mais, plus encore que le problème de la sous-notification, se pose le problème de la reconnaissance tardive et de l'investigation en cas de flambée épidémique, ce qui retarde la mise en place de mesures de lutte. En Afrique, il n'est pas rare qu'il s'écoule deux mois ou plus entre le moment où l'épidémie commence et le moment où elle est diagnostiquée. L'incidence de la fièvre jaune est plus forte dans les régions d'endémie/enzootie connues d'Afrique de l'Ouest, en particulier au Liberia, au Ghana, au Nigeria et dans les pays voisins. Plusieurs centaines à plusieurs milliers de cas sont signalés chaque année dans les régions d'endémie. Les populations rurales sont les plus exposées, la plupart des cas survenant, pour l'adulte, parmi les hommes jeunes travaillant en forêt. Il y a généralement deux fois plus d'hommes touchés que de femmes.

L'agent responsable de la fièvre jaune est un virus de la famille des Flaviviridés transmis par un moustique. Le cycle de transmission, ou cycle "selvatique", fait intervenir des moustiques vivant dans la forêt et des primates non humains. Il peut arriver que l'homme contracte la fièvre jaune dans la forêt, puis se déplace dans un village ou dans une zone urbaine où la maladie trouvera un vecteur chez une espèce domestique de moustique, notamment Aedes aegypti, également porteur du virus. C'est ainsi que se déclenchent des épidémies "urbaines" qui peuvent avoir des effets dévastateurs. Beaucoup de grandes villes d'Afrique sont infestées par des moustiques Aedes aegypti et l'introduction de la fièvre jaune pourrait faire des milliers de morts avant qu'une campagne de vaccination ne produise ses effets.