Le traitement est uniquement symptomatique. Il n'y a pas actuellement de traitement spécifique pour cette maladie. On pratique une réhydratation par perfusions intraveineuses de solutés physiologiques et glucosés. On conseille une alimentation riche en hydrates de carbone et en protéines.

La mortalité peut atteindre 50% des cas pendant les épidémies, alors qu'elle est de 5% dans les zones d'endémies (cas sporadiques). La mort survient habituellement entre le sixième et le neuvième jour.

C'est pour cette raison que la vaccination reste le seul moyen pour tenter de l'éradiquer. Le vaccin contre la fièvre Jaune doit être réalisé dans des centres agréés. Ces centres sont les seuls habilités à effectuer la vaccination antiamarile et à délivrer les certificats exigés par le règlement sanitaire international.

Le schéma vaccinal se compose d'une seule injection sous-cutanée ou intramusculaire au moins dix jours avant le départ. C'est la période nécessaire à l'apparition des anticorps et donc à la pleine efficacité du vaccin.

La vaccination amarile est bien tolérée, les effets secondaires sont rares. Les contre-indications du vaccin sont :
- la grossesse : dans un contexte épidémique, et sans possibilité de surseoir au voyage, la gravité de la maladie étant supérieure au risque théorique lié à la vaccination, il est recommandé de vacciner la femme enceinte. Une vaccination faite au cours d'une grossesse méconnue ne justifie pas de conseiller une interruption de grossesse.
- les nourrissons de moins de 6 mois (les bébés non vaccinés seront placés sous moustiquaire).
- en cas de déficit immunitaire congénital ou acquis.
- en cas de maladie maligne évolutive.
- les allergies aux protéines de l'oeuf (en cas de nécessité absolue liée à un contexte épidémique, une vaccination peut être entreprise en suivant un protocole spécial)

Le certificat de vaccination antiamarile est aujourd'hui le seul certificat exigé dans les voyages internationaux. Beaucoup de pays exigent un certificat international de vaccination valable des voyageurs en provenance de zones infectées ou de pays qui possèdent des zones infectées, ou ayant transité par ces zones. Certains pays exigent un certificat de tous les voyageurs entrant sur leur territoire, y compris les voyageurs en transit. Bien que cette mesure outrepasse les prescriptions du règlement sanitaire international, les voyageurs constateront à l'occasion qu'elle est strictement appliquée, en particulier pour les personnes arrivant en Asie en provenance d'Afrique ou d'Amérique du Sud. La vaccination est vivement recommandée en cas de déplacement hors des zones urbaines dans les pays appartenant à la zone d'endémicité, même si ces pays n'ont pas notifié officiellement de cas de fièvre jaune et n'exigent pas de certificat de vaccination à l'entrée sur leur territoire. Des cas mortels de fièvre jaune sont survenus chez des touristes non vaccinés s'étant rendus dans des régions rurales de la zone d'endémicité.

La période de validité d'un certificat international est de dix ans à compter du dixième jour qui suit la vaccination. En cas de revaccination, la validité est prolongée par une nouvelle période de dix ans à compter du jour de la revaccination. Le voyageur non vacciné ou insuffisamment tôt, arrivant dans un pays exigeant la vaccination antiamarile se verra contraint d'observer une quarantaine pendant 6 jours (durée "légale" de l'incubation de la fièvre jaune) ou jusqu'au 10ème jour après la vaccination. Il convient donc de se faire vacciner suffisamment tôt avant le départ.

Voici un tableau des pays nécessitant une vaccination contre la fièvre jaune :