L'injection entraîne des risques d'infection (notamment par les virus du sida et des hépatites) si l'usager ne se sert pas d'un matériel d'injection stérile et à usage unique. Depuis la mise en vente libre des seringues en 1987 et des kits de prévention, la contamination par le VIH a baissé de manière très significative. Diverses études montrent que les partages de seringues et les nouvelles contaminations VIH ont fortement diminué chez les usagers de drogues par voie intraveineuse. En effet, en 1995, les toxicomanes représentaient le deuxième groupe le plus touché avec 23,7 % des cas de sida cumulés. On constate une diminution importante dès 1996. Malgré ces progrès, aujourd'hui plus d'un usager de drogue par voie intraveineuse cinq demeure infecté par le VIH. Le nombre de personnes contaminées par le virus de l'hépatite C reste important puisqu'il représente 60 à 80 % des usagers de drogue par voie intraveineuse.